1) Theo Tịnh Độ Tông thì vãng sanh Tây Phương rồi còn phải trải qua Cửu Phẩm Liên Hoa (tức 4 Đạo, 4 Quả và 1 Niết-bàn) nữa mới thành Chánh Đảng Giác như đức Phật Thích Ca.

2) Đức Phật A-di-đà là biểu tượng cho Tánh Giác (Buddhacarita) của mỗi người chứ không phải nhân vật lịch sử nên làm sao có tiểu sử được. Niệm Phật tức quay về với Tánh Giác, niệm Phật đến nhất niệm thanh tịnh tức vãng sanh Tịnh Độ, khi đã thanh tịnh thì Tánh Giác sẽ soi sáng tức đức Phật A-di-đà tiếp dẫn. Vì vậy "lễ hội" lớn nhất là nhất niệm thanh tịnh, chứ không phải hình thức tổ chức bên ngoài.

Phật Giáo Nguyên Thủy là dòng chảy xuyên suốt qua các Tông phái phát triển về sau. Tất nhiên khi kinh qua sự phát triển thì mỗi tông môn đều có chỗ sai biệt về một số phương diện nào đó. Các Tông phái phát triển sau 200 năm đức Phật Niết-bàn gọi là các phái Tiểu Thừa, và phát triển sau 600 năm đức Phật Niết-bàn gọi là các phái Đại Thừa. Mật Tông hay Kim Cang Thừa cũng phát xuất từ đó và đặc biệt phát triển mạnh tại Tây Tạng. Đối với những bậc thấu lý đạt sự thì tất cả các Tông phái tuy hình thức khác nhau nhưng cốt lõi vẫn là một. Nhưng đối với những người căn cơ còn non kém thì mới bị kẹt vào cái ngã tông môn. 

Nếu chúng ta chỉ nói thuần túy về tông chỉ của các phái chứ không nói về hình thức các tổ chức tông phái ấy, thì Phật Giáo Nguyên Thủy, hiểu theo nghĩa là giáo lý uyên nguyên của đức Phật, là cốt lõi của tất cả tông phái phát triển về sau. Phần lớn các tông phái phát triển về sau đều đưa ra thêm những phương tiện thiện xảo riêng để làm biện pháp tu tập cho tông môn mình, từ đó bắt đầu có sự khác biệt về biện pháp tu tập và các hình thức kỹ thuật thực hiện nó. Vậy cốt lõi thì không khác chỉ có khác hình thức tổ chức và biện pháp thực hiện cốt lõi đó mà thôi. Phật Giáo Nguyên Thủy chủ yếu nắm giữ nguyên lý cốt lõi rồi tùy duyên vận dụng biện pháp, còn các Tông phái thường nắm giữ và phát huy phương pháp riêng của Tông phái mình.

Đây là chỗ hiểu lầm về lý nhưng trên sự thì không có gì khác. Đạo hữu có thể đọc thêm cuốn Thiền Phật Giáo: Nguyên Thủy và Phát Triển trong mục Thư Viện, nhất là chương đối chiếu thiền Vipassanà với thiền Tông Đông Độ. Hai loại thiền này bên ngoài có vẻ như rất khác nhau nhưng nội dung thì hoàn toàn giống nhau. Chỉ khác ở chỗ Thiền Tông cốt giúp hành giả ngộ lý làm gốc, còn Thiền Vipassanà lấy chứng sự làm nền. Khi diễn đạt theo sự thì phải nói tiến trình thực chứng nên có vẻ như theo trình tự tu chứng. Khi diễn đạt về lý thì có thể thấy ngay lập tức. Do đó các vị thiền sư Đông Độ cũng nói: "Lý đốn ngộ, sự tiệm tu".

1100 năm trước Thiền Tông, chữ Pháp trong Thiền Nguyên Thủy đã có nghĩa là thực tại hiện tiền (Dhammo) có thể thấy ngay (sandtthiko), không qua thời gian (Akàliko), quay lại là thấy (Ehipassiko), ngay trên chính nó (Opanayiko) mỗi người có thể tự chứng (Paccattam veditabo vinnùhi). Vậy điều Thiền Tông thấy sau này đâu có khác gì thiền Nguyên Thủy?. Lý và sự tuy diễn đạt khác nhau nhưng cùng nói về một sự thật duy nhất. Ví dụ, nói "ăn thì no" và nói: "nhai, nuốt, tiêu hóa, thành nhũ trấp, thành máu v.v..." thì tuy khác nhau nhưng cũng chỉ diễn đạt cùng một thực kiện, đâu có gì sai khác? Khi lý và sự chưa dung thông thì thấy đó là hai, khi sự lý viên dung thì pháp là bất dị.

Từ hệ phái này không có nghĩa là Nam Tông, Bắc Tông, Khất Sĩ  v.v... như ở Việt Nam. Thực ra dùng từ hệ phái không đúng vì tất cả các nước theo Phật Giáo Theravada đều cùng chung một hệ phái Nam Tông hay Nguyên Thủy, đều lấy Tam Tạng Pali làm gốc, gần như nội dung không có gì khác nhau. Chỉ khác nhau về hệ thống tổ chức và sở trường pháp hành, nên mỗi phái có Tăng Thống riêng. Có lẽ dùng từ hệ thống hoặc trường phái thì đúng hơn, vì lý do sau đây:

1) Do xuất xứ của tổ chức, ví dụ như một số vị Tăng Tích Lan đi du học Thái Lan, Miến Điện... khi về nước tổ chức chùa chiền, đệ tử, sinh hoạt theo truyền thống Phật Giáo Nam Tông Thái Lan, Miến Điện. Những vị học trong nước thì giữ truyền thống Tích Lan. Do vậy ở Tích Lan có ba truyền thống tổ chức Phật Giáo Nam Tông riêng nhưng không khác nhau gì mấy, họ vẫn sinh hoạt chung, tu học chung, hành lễ chung với nhau không có gì trở ngại v.v... và tuyệt đối không có mâu thuẫn đối kháng.

2) Do pháp hành sở trường của mỗi vị thầy mà biệt truyền thành trường phái riêng. Ví dụ vị thầy thiện xảo về thiền định hay thiền tuệ thì phát triển chùa chiền và đệ tử thành một trường phái chuyên về thiền định hay thiền tuệ. Điều này giống như các Tông môn ở Việt Nam, tuy riêng biệt theo truyền thống pháp môn tổ khai sơn của mình nhưng vẫn cùng hệ phái Bắc Tông. Tông môn ở Việt Nam còn có nhiều chỗ khác nhau, còn trường phái của Tích Lan thì chỉ sở trường về pháp hành thôi nên có thể học hỏi trao đổi lẫn nhau và sinh hoạt chung không có gì trở ngại.

Các pháp môn phương tiện của các Tông phái phát triển đều do chư Tổ về sau tùy căn cơ mà vận dụng cho bá tánh dễ tu tập cho nên đôi lúc hơi cường điệu một chút mới gây được niềm tin. Phần lớn các vị Tổ có chủ đích tốt khi cố ý cường điệu như thế nên khi ai tin theo mà hết lòng tu tập thì có kết quả tốt, và lúc đó sẽ tự hiểu ra vì sao Tổ lại làm như vậy. Tuy nhiên, hậu nhân lại tưởng chỗ cường điệu đó là điểm chính yếu và ưu việt của Tông môn mình nên đã phát huy cái phụ thay vì cái chính của pháp môn. Đó là lý do vì sao các Tông môn ngày càng đi sai hướng vận dụng ban đầu của Tông phái mình.

Nếu thấy Tông môn nào đã đi lệch hướng thì con có quyền không theo nữa, nhưng không nên có ý xem thường, tốt nhất là nên có tâm từ bi với họ. Đâu có ai đúng mà chưa từng sai bao giờ, cho nên khinh thường cái sai chính là tâm ngã mạn.

Phật Giáo Phát Triển chia ra Thiền Tông và Tịnh Độ Tông riêng nên mới có tình trạng đã theo tông phái nào thì phải tuân thủ theo yếu chỉ của tông phái đó. Thực ra trong Phật Giáo Nguyên Thủy, hành thiền hay niệm Phật đều là những pháp thể hiện Giới Định Tuệ, Bát Chánh Đạo  v.v... nên Phật tử có quyền chọn lựa pháp nào thích hợp với căn cơ trình độ của mình, cũng có thể kết hợp nhiều pháp vào việc tu hành. Ví dụ, người hành thiền tuệ có thể bổ sung thêm niệm Phật, niệm tâm từ, niệm bất tịnh, niệm sự chết v.v...

Tinh chuyên một tông môn cũng tốt nhưng cũng dễ bị dính mắc vào một phương tiện, nên đôi khi còn đả phá phương tiện khác, sinh ra tình trạng chia rẻ tông môn hệ phái. Ngày nay nếu Phật tử thấy thích hợp với pháp môn phương tiện nào thì cứ hành theo, sau đó nếu thấy không khai mở được gì mà còn bị trói buộc thêm thì thay đổi pháp môn phương tiện khác. Nếu thấy 2 pháp môn đều hay thì cứ hành cả hai.

Tốt hơn hết là nên học hỏi để nắm vững cốt lõi của Giáo Pháp trước rồi mới thực hành thì mới khám phá được chân lý một cách toàn diện, nếu không chỉ như người mù rờ voi, dù có rờ được gì bằng cả hai tay thì cũng chỉ là kinh nghiệm cục bộ. Cũng vậy, nếu không thấy được cốt lõi của Phật Pháp thì dù có thiền tịnh song tu cũng chỉ bắt cá hai tay mà thôi.

Giáo lý nguyên thủy của đức Phật hầu như không đề cập đến những vấn đề Phật và Bồ-tát thị hiện cứu độ chúng sanh theo kiểu đó. Quan niệm này mãi đến 600 năm sau đức Phật nhập diệt mới phát sinh trong các Hệ Phái Phật Giáo phát triển. Đến hơn 1.100 năm sau đức Phật Niết-bàn, Thiền Tông Đông Độ ra đời, vị Tổ thứ 6 là Ngài Huệ Năng đã xác định lại "độ chúng sanh" là vượt qua vô số phiền não phát sinh trong tâm (Tự tánh chúng sanh vô biên thệ nguyện độ). Bởi vì một số Luận Phái phát triển đã biến Phật Pháp thành triết học và tín ngưỡng để đáp ứng yêu cầu sở tri và sở đắc của con người, hơn là chú tâm vào việc hóa giải những khổ đau bức thiết trong hiện tại, như tinh thần giác ngộ giải thoát ban đầu của đức Phật.

Bồ-tát theo nghĩa nguyên thủy là người biết sử dụng tánh giác để giác ngộ và giải thoát khỏi cái ta ảo tưởng. Chính cái ta ảo tưởng này tạo ra "vô số chúng sanh phiền não đau khổ trong tâm" mà chủ yếu là phát xuất từ vô minh ái dục, cụ thể như tham, sân, si, mạn, nghi, tà kiến v.v. Chính những "chúng sanh" này là hiện thân của đau khổ và tạo ra đau khổ cho mỗi người, vì vậy đối với bất cứ ai khi chưa "độ tận" chúng sanh (vượt qua phiền não) trong tâm mình thì có muốn thành Phật cũng không được, nên muốn giải thoát thì phải phát hạnh nguyện độ thoát phiền não (bản ngã chúng sanh) chứ đâu còn cách nào khác! Đối với chúng sanh bên ngoài thì người giác ngộ có thể chỉ đường cho họ để họ tự đi chứ không ai độ ai được.

Còn nói Phật thị hiện theo kiểu "Khi nào chúng sanh còn khổ thì ta còn trở lại thế giới ta-bà để độ chúng sanh qua bến giác" thực ra chỉ có nghĩa là khi nào còn xem thân ngũ uẩn này là bản ngã thì còn "chúng sanh phiền não khổ đau" nên gọi cái ta ngũ uẩn là thế giới sa-bà. Lúc đó chỉ còn trông cậy nơi tánh giác quay trở lại (chánh niệm) soi sáng mới mong phá trừ mọi vọng niệm (tỉnh giác) của cái ta ngũ uẩn đó để cứu thoát thực tại thân tâm (thân, thọ, tâm, pháp) ra khỏi cái ta ảo tưởng tạo tác khổ đau sinh tử mà thôi. Vì vậy câu nói trên có thể hiểu như sau: "Khi nào còn phiền não khổ đau (chúng sanh khổ), thì tánh biết phải nguyện quay lại nơi thân ngũ uẩn này (thế giới sa-bà) để hóa giải cái ta ảo tưởng trở về với thực tánh pháp"